納豆・ヨーグルト・味噌・チーズ——これらに共通するのは「菌のはたらき」です。発酵食品はカビ・酵母・細菌のいずれかの微生物が原材料を変化させてできます。本記事では、発酵食品に使われる菌の種類をカビ（糸状菌）7種・酵母5種・細菌11種の全23種に分けて一覧で紹介します。各菌の学名・主な発酵食品・特徴を表でまとめたので、探している菌をすぐに見つけられます。
発酵食品を作る微生物の3グループ
発酵食品に関わる微生物は、形態や働きによって大きく3つのグループに分けられます。
← 横にスクロールできます →
| グループ | 生物学的分類 | 代表例 | 主な働き |
|---|---|---|---|
| カビ（糸状菌） | 真菌類 | 麹菌・テンペ菌 | でんぷん・タンパク質の分解。旨みや香りの生成 |
| 酵母 | 真菌類（単細胞） | 清酒酵母・パン酵母 | 糖からアルコールと二酸化炭素を生成（アルコール発酵） |
| 細菌 | 原核生物 | 乳酸菌・納豆菌・酢酸菌 | 乳酸・酢酸・ビタミンなどを生成。多様な発酵に関与 |
カビ（糸状菌）の種類一覧
カビは多細胞の菌糸を持つ真菌で、酵素を分泌して食材を分解します。日本の発酵文化では麹菌が特に重要な役割を担っています。
← 横にスクロールできます →
| 菌の名前 | 学名 | 主な発酵食品 | 特徴・ポイント |
|---|---|---|---|
| 麹菌（コウジカビ） | Aspergillus oryzae | 味噌・醤油・日本酒・みりん・甘酒 | 2006年に日本醸造学会が「国菌」に認定。アミラーゼ・プロテアーゼを多量に分泌し、旨みを引き出す |
| 黒麹菌 | Aspergillus luchuensis | 泡盛・黒麹焼酎 | 沖縄の泡盛に不可欠な菌。クエン酸を大量に産生し、雑菌の繁殖を抑える |
| 鰹節菌（カツオブシカビ） | Aspergillus glaucus などの耐塩性糸状菌 | 本枯節（本格鰹節） | 鰹節の表面に繁殖。水分を吸収して旨みを凝縮させる独自の役割を持つ |
| 白カビ | Penicillium camemberti | カマンベールチーズ・ブリーチーズ | 表面の白いフワフワした外皮を形成。内部をクリーミーに熟成させる |
| 青カビ | Penicillium roqueforti | ブルーチーズ（ロックフォール・ゴルゴンゾーラ・スティルトン） | チーズ内部の青緑色の縞模様を作る。独特の風味を生み出すリパーゼを産生 |
| 紅麹菌 | Monascus purpureus | 紅腐乳・紅酒（台湾・中国南部） | 鮮やかな赤色の色素を産生。食品の着色や独自の香味に利用される |
| テンペ菌 | Rhizopus oligosporus | テンペ（インドネシア） | 大豆を菌糸でびっしり覆い、ケーキ状に固める。タンパク質の消化吸収率を高める |
酵母の種類一覧
酵母は単細胞の真菌で、糖をアルコールと二酸化炭素に変える「アルコール発酵」を担います。同じサッカロマイセス・セレビシアエ（Saccharomyces cerevisiae）でも、用途ごとに特性の異なる株が育種・選抜されています。
← 横にスクロールできます →
| 酵母の名前 | 学名 | 主な発酵食品 | 特徴・ポイント |
|---|---|---|---|
| 清酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae（清酒用株） | 日本酒・清酒 | 低温でも働く。発酵力が強く、吟醸香（果実系の香り）を産生する株が多い |
| エール酵母（上面発酵酵母） | Saccharomyces cerevisiae（エール用株） | エールビール・小麦ビール | 発酵中に液面へ浮かぶ。複雑なエステルを産生し、独特のフルーティな香りを生む |
| ラガー酵母（下面発酵酵母） | Saccharomyces pastorianus | ラガービール・ピルスナー | 低温（4〜10℃）で静かに発酵。すっきりした味わいを作る。S. cerevisiaeとの交雑種 |
| ワイン酵母 | Saccharomyces cerevisiae（ワイン用株） | ワイン | 高濃度アルコール耐性が高い。産地・ブドウ品種ごとに異なる株が使われる |
| パン酵母（イースト） | Saccharomyces cerevisiae（パン用株） | パン・ピザ生地 | 二酸化炭素を大量に産生し生地を膨らませる。速効性の高い株が商業用に育種されている |
細菌の種類一覧
細菌は最も多様なグループで、乳酸菌・酢酸菌などのほかにも多くの種類が発酵食品に関与しています。
乳酸菌（ラクトバチルス属・ラクトコッカス属 など）
乳酸菌は糖から乳酸を作り、食品を酸性にして保存性を高めます。種類は400以上と非常に多く、発酵食品の種類ごとに適した菌が選ばれています。
← 横にスクロールできます →
| 菌の名前 | 学名 | 主な発酵食品 | 特徴・ポイント |
|---|---|---|---|
| ラクトバチルス属 | Lactobacillus spp. | ヨーグルト・漬物・キムチ・チーズ・ザワークラウト | 乳酸菌の中で最も種類が多い属。発酵食品全般に広く関与するコア菌群 |
| ロイコノストック属 | Leuconostoc spp. | キムチ・ザワークラウト・漬物 | 低温・低塩環境でも活発に働く。発酵初期に乳酸を素早く産生し、雑菌を抑える |
| ラクトコッカス属 | Lactococcus lactis | チーズ（ゴーダ・チェダー・カッテージ） | チーズ製造に欠かせないスターター菌。乳のタンパク質を凝固・熟成させる |
| ストレプトコッカス・テルモフィルス | Streptococcus thermophilus | ヨーグルト・モッツァレラチーズ | 高温（42〜45℃）でよく働く。ラクトバチルス・ブルガリクスと組み合わせてヨーグルトを作る |
| ペディオコッカス属 | Pediococcus spp. | 漬物・ベルギークラフトビール・発酵ハム | 耐塩・耐酸性が高い。ランビックなど一部の自然発酵ビールにも使われる |
| ビフィズス菌 | Bifidobacterium spp. | 機能性ヨーグルト・発酵乳 | 腸内で優位に働く菌として知られる。酸素が少ない環境を好む偏性嫌気性菌 |
酢酸菌
酢酸菌はアルコールを酢酸（酢の成分）に変えます。食酢の製造や発酵飲料に不可欠です。
← 横にスクロールできます →
| 菌の名前 | 学名 | 主な発酵食品 | 特徴・ポイント |
|---|---|---|---|
| アセトバクター属 | Acetobacter spp. | 食酢・コンブチャ・ケフィア | 酢の製造に主に使われる菌。酸素がある環境でエタノールを酢酸に変える |
| グルコノバクター属 | Gluconobacter spp. | 食酢（工業生産）・ワインビネガー | 高濃度酸素下で素早く酸化する。工業的な大規模酢製造で活躍する |
その他の細菌
← 横にスクロールできます →
| 菌の名前 | 学名 | 主な発酵食品 | 特徴・ポイント |
|---|---|---|---|
| 納豆菌 | Bacillus subtilis var. natto | 納豆 | 蒸し大豆に繁殖し、強いプロテアーゼ（タンパク質分解酵素）でネバネバの糸を作る。90℃以上の高温にも耐える胞子形成菌 |
| プロピオン酸菌 | Propionibacterium freudenreichii | エメンタールチーズ | エメンタールの特徴的な「穴」を作る菌。二酸化炭素ガスを放出して大きな空洞を形成する |
| 酪酸菌 | Clostridium butyricum | ぬか漬け | ぬか床に存在する嫌気性菌のひとつ。糖や乳酸を代謝して酪酸を産生し、ぬか床の風味の一端を担う |
豆知識｜麹菌が「国菌」に選ばれた理由
2006年、日本醸造学会は麹菌（Aspergillus oryzae）を日本の「国菌」として認定しました。これは日本酒・味噌・醤油・みりん・酢・甘酒など、日本の伝統的な発酵食品のほぼすべてに麹菌が関与していることが評価されたためです。
麹菌が産生するアミラーゼは米や大豆のでんぷんを糖に分解し、プロテアーゼはタンパク質をアミノ酸（旨み成分）に変えます。この酵素の組み合わせが、日本食の豊かな旨みの根底にあります。なお、麹菌は「Aspergillus」（アスペルギルス）属に属しますが、カビの一種です。見た目は白〜黄緑色の粉状で、炊いた米や大豆の表面に繁殖させてから使います。
まとめ
発酵食品に使われる菌は、カビ7種・酵母5種・細菌11種の全23種類（代表種）に大別できます。同じ「菌」でも、カビはでんぷん分解・酵母はアルコール発酵・細菌は乳酸や酢酸の生成と、役割がまったく異なります。日常の食卓にある発酵食品を「どの菌が作ったのか」と考えてみると、食の奥深さがさらに増します。
世界の発酵食品そのものに興味がある方はこちらもどうぞ：世界の発酵食品50選｜納豆・キムチ・ケフィアの仕組みと語源まとめ
